私達は病理専門医であるがん研究者で、私達自身で病理診断を行った諸臓器がんの病理組織検体等を高い品質を保って収集し、分子病理学的解析を展開しています。これにより、がん等の疾患発生の分子機構を解明し、発がんリスク診断・がんの早期診断・病態診断・予後診断・コンパニオン診断法を開発するとともに、がん予防・治療の適切な分子標的候補を同定することを研究の目的としています。研究成果を実際に患者さんに届けられる形に仕上げるために、産学連携研究にも努めています。
顕微鏡で毎日観察しているがんの多様性は不可逆的な遺伝子変異だけでは説明できないことから、金井は世界的な研究の動向に先駆けて、1995年頃から発がんのエピジェネティック機構 (特にDNAメチル化異常)に着目してきました。諸臓器がんの病理組織検体を使ったゲノム網羅的DNAメチル化解析を積み重ね、DNAメチル化酵素の発現やプライスの異常を伴う前がん段階からDNAメチル化異常が起こり、その異常ががんに継承されて、がんの臨床病理像や症例の予後を規定することを示してきました。多層オミックス解析を目指す大型研究プロジェクトでエピゲノム解析拠点を歴任し、我が国の代表研究チームとして国際ヒトエピゲノムコンソーシアム (IHEC)に参加して世界共通の研究基盤となるエピゲノムデータベースの構築に貢献しました。病院検査部にも導入が容易なDNAメチル化定量システムを開発して、予防先制医療の時代にふさわしいDNAメチル化診断の医療実装を目指すとともに、がん等の疾患の対極にある健康長寿への、エピゲノムの寄与の理解も進めたいと考えています。