慶應義塾大学医学部は1873（明治６）年創設の「慶應義塾医学所」を経て1920（大正９）年に私学で最初の大学医学部としてスタートし、医学研究科博士課程は1956（昭和31）年４月に新制大学院として開設され、基礎系の３専攻系（生理系、病理系、予防医学系）と臨床系の２専攻系（内科系、外科系）の５専攻により長年運営されてきました。

しかしながら、慶應医学の祖である北里精神、すなわち「基礎医学と臨床医学の連携を緊密にし、学内は融合して位置家族の如く」の心情に立脚した基礎・臨床一体型の研究体制が、益々盛んになって来た結果、これらを融合させ、ひとつの学問体系として発展させるため、これまでの５つの専攻を「医学研究系専攻」として一つにまとめました。一方、現在では、臨床の各診療科の枠をこえ、基礎・臨床の英知を結集させた質の高い癌の専門家を大学院の教育の一環として養成する必然性が出て来ました。また優れた臨床研究をデザインし、マネージできる人材を養成することも急務となってきています。このような医療に関わる新しい形の人材育成を大学院として行うため、新たに「医療科学系専攻」を立ち上げました。すなわち、医学研究科は、平成21年度よりこれまでの５専攻をまとめた「医学研究系専攻」と、新たな「医療科学系専攻」の２専攻体制に新しく生まれ変わりました。

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