医学研究科では、修士課程（医科学専攻）（2年制）および後期博士課程（医学研究系・医療科学系）（4年制）を設置しています。

修士課程（2年制）概要

医学研究科修士課程では、医学部以外の出身者にも門戸を開き、医学・医療に関する多彩な分野における高度の専門家および研究者の育成を目指しています。自然科学領域や人文・社会科学領域で学んできた人々を対象として、医学研究・教育と医療実践の場である医学研究科・大学病院における教育と研鑽により、医学・医療に深い造詣を有する高度の職業人の養成とともに博士課程への進学を目指す学生を育成しています。多様な進路に対応し、学生各人が自分の目指す専門職種と最も関連の深い医学・医療分野の現状と今後の展望を把握できるようにカリキュラムが編成されています。

博士課程（4年制）概要

医学部および6年制の歯学部、獣医学部、薬学部の卒業生あるいは修士課程修了者を対象として、基礎医学と臨床医学との緊密な連携を図り、独創的な研究活動・研究指導を行うことのできる能力と、豊かな人間性と学識を持つ優れた医学研究者、教育者（医学研究系）や、先端医療に結びつく優れた臨床研究の遂行とそのプロトコールデザイン、診療科横断的な癌の臨床の専門家を目指す人材（医療科学系）を養成します。
研究科委員による「大学院特別講義」に加えて「実践的技術習得コース」、国内外の研究者による「慶應医学会例会」や「総合医科学研究センターセミナー」などを積極的に聴講することで、実践的な研究遂行能力と研究創案能力の育成を行っています。
総合医科学研究センターにおいては、学外の研究機関や企業などが一体となった融合研究が推進されており、大学院生と学内学研究者、企業研究者間の自由な交流により、質の高い研究成果をあげると共に、特許取得も含めた知的資産の創出にも積極的に取り組める環境が整えられています。研究成果は国際誌に発表され、その論文をもって学位申請を行っており、優れた研究については課程3年時での学位申請も可能です。

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